自１９６７年夏季开始到１９７２开始收尾的清查「五·一六分子」运动，则是周恩来主动迫害人的一个铁证。全国因此受牵连的不下百万之巨。在清查「五·一六分子」运动中，手段之残酷，时间之漫长，涉及面之广，逼死逼疯逼残的人之多，为文革其它运动所未有。在这株连甚广、卑鄙残暴，不可宽恕的清查运动 中，反对周恩来就是反革命，周恩来同其它无产阶级司令部的人更是密切、通力合作，充分展现了和江青等人作战在一个战壕的风采。同时，周恩来也借机在外交部等领域铲除异己，清洗对立面。文革结束后，此冤案因为周恩来的关系竟然没有被官方所正式平反过，虽然最后证实这是一场人为的打击实际上并不存在的「阶级敌人」的政治运动。
清查「五·一六分子」运动，缘起于１９６７年春夏之交的受到无政府主义和怀疑一切思潮影响的红卫兵炮打周恩来的行动。但是这些红卫兵组织在８月下旬基本上全部被镇压。由于周恩来失责，外交部发生了火烧英国代办处的事情。周恩来把外交部的失控归于「五·一六」反革命的破坏。抓「五·一六」则成了周恩来在外交部扫荡对立面稳定外交部的一个有效和有力的策略。从抓捕王力开始，到整肃陈家康，直至姚登山，周恩来在外交部掀起了腥风血雨。外交部三千个工作人员抓了一千七百个「五·一六」，更甚的是，在１９７２年二十人被周恩来亲自定为「五·一六反革命分子」，在全国是独此一家，别无分店。在全国清查「五·一六分子」中，「谁反总理，谁就是反革命」是重要的一个口号。
王年一先生说：「打成『五·一六』的人，没有准确的统计，估计全国至少有几十万人。」 严家其认为全国遭受诬陷迫害的有数百万人。 王力说：「我是作为５１６头子被打倒的。但是项目组审查了１２年多，没有查出我同５１６有任何关系。中纪委告诉我全国整了１５００万『５１６』分子。」
---《新发现的周恩来》
